CPBL內部共分為三大部門，包含「宣傳推廣部」、「行政部」、「賽務部」，原國際事業部則改「國際組」併入宣推部。賽務部統管賽務安排、球場安全、裁判聘免與培訓、場務及競技組人員任用與培訓，另有票務組專責聯盟票券事務。宣推部則是負責招商、年度賽事宣傳推廣、商品販售、聯盟相關網站及社群維護、籌辦明星賽等。國際組負責與國際間聯繫，包含日職、韓職、美職、澳職等各國職業棒球組織，並負責安排亞洲冬季棒球聯盟外隊來台、協調國際交流賽籌辦等相關事宜。行政部則包辦聯盟所有行政事項，以及職業棒球雜誌與相關印刷品出版。